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Si è appena concluso a Rimini il XXIX Congresso Nazionale SIGU – della Società Italiana di Genetica Umana. Un importante appuntamento che anche quest’anno ha visto lo staff di genetica e citogenetica del CDI, guidato dalla dott.ssa Lucy Costantino, presentare quattro differenti lavori.

• Nel primo poster Refining the Minimal Critical Region of 7q11.23 Microdeletion: A Case Report with an Intermediate Neurodevelopmental Phenotype (S. Motta, D. De Vita, S. Scupilliti, L. Di Schiena, G. Carucci, D. Clerici, S. Stioui, L. Costantino) è stato descritto descrive il caso clinico di un bambino di nove anni con ritardo dello sviluppo psicomotorio, grave compromissione del linguaggio, difficoltà di coordinazione motoria e dismorfismi del volto e scheletrici. L’analisi mediante Array-CGH, eseguita sul probando e sui genitori, ha identificato una microdelezione patogenetica de novo di circa 554 Kb nella regione 7q11.23, comprendente i geni GTF2IRD1, GTF2I, NCF1 e GTF2IRD2, ma non il gene ELN. Il caso contribuisce a definire con maggiore precisione la regione critica minima associata alle manifestazioni neurocognitive e dismorfiche delle microdelezioni della regione 7q11.23 e dimostra l’esistenza di uno spettro fenotipico continuo tra la sindrome da microdelezione distale 7q11.23 e le forme atipiche di delezione associate alla Sindrome di Williams.
• Nel secondo poster Classificazione automatizzata di varianti BRCA1/2 con un sistema multi-agente ACMG/AMP: validazione rispetto al genetista molecolare su 170 casi (L. Corsaro, A. Faversani, C. Santaniello, V. Stachetti, D. Manuelli, G. Melloni, E. Domizi, C. Corbetta, L. Costantino) si è valutato un sistema multi-agente basato su Large Language Models (LLM) per la classificazione automatizzata delle varianti nei geni BRCA1/2 secondo i criteri ACMG/AMP, confrontandone i risultati con la classificazione effettuata da un genetista molecolare su una casistica di 170 varianti. L’analisi ha evidenziato una concordanza sostanziale tra la classificazione prodotta dal sistema di intelligenza artificiale e quella del genetista, suggerendo il potenziale impiego di approcci basati su LLM come strumenti di preparazione alla classificazione delle varianti. I risultati sottolineano tuttavia la necessità di mantenere un ruolo centrale per la revisione e la supervisione da parte del genetista molecolare, indispensabili per garantire l’accuratezza e l’appropriatezza dell’interpretazione clinica.
• Il terzo poster, invece, Integrating RNA Analysis into Clinical Diagnostics: Reclassification of a Novel BRCA1 Duplication (A. Faversani, V. Stachetti, C. Santaniello, D. Manuelli, L. Tararà, L. Gargiulo, S. Cannara Malan, E. Mandorino, E. Domizi, L. Giordano, L. Corsaro, L. Costantino) si è descritta la caratterizzazione di una nuova duplicazione coinvolgente gli esoni 15-18 del gene BRCA1, identificata in una paziente con carcinoma mammario triplo-negativo e storia familiare oncologica. L’integrazione di analisi genomiche e trascrittomiche ha consentito di definire con precisione la struttura e l’orientamento della duplicazione, risultando determinante per la corretta interpretazione del significato clinico della variante. La caratterizzazione molecolare della variante ha fornito un’informazione di rilevante importanza per la gestione clinica e terapeutica della paziente e per l’identificazione e la presa in carico dei familiari potenzialmente a rischio.
• Nel quarto poster Tenosynovial Giant Cell Tumor in BAP1 Tumor Predisposition Syndrome: A Novel Association or an Incidental Finding? (G. Melloni, G. Fellegara, S. Zanella, M. Barbareschi, M.C. Spinella, G.B. Pipitone, F. Guizzardi, S.R. Giglio, N. Yazdi, G. Porta, D. Clerici, L. Costantino) si è descritto il caso clinico di un paziente inviato a consulenza genetica per il riscontro di due lesioni melanocitarie, con perdita di espressione di BAP1 (BIMT). La storia familiare è caratterizzata da carcinoma renale, adenocarcinoma intestinale, carcinoma prostatico ed epatocellulare. Il paziente è anche affetto da Tumore Tenosinoviale a Cellule Giganti (TGCT) della caviglia. L’analisi, mediante sequenziamento NGS, ha identificato una variante germinale patogenetica nel gene BAP1, consentendo di confermare la diagnosi di Sindrome da Predisposizione Tumorale BAP1 (BAP1-TPDS) e di indirizzare il paziente verso programmi di sorveglianza clinica dedicati. L’analisi di BAP1 sul tumore tenosinoviale, invece, non dimostra perdita di BAP1.  Sebbene questo riscontro non supporti un nesso causale, si tratta comunque della prima associazione riportata tra BAP1-TPDS e TGCT, entrambe condizioni molto rare e si ritiene importante verificare se in futuro verranno descritti ulteriori pazienti.